Il fipronil è perlopiù utilizzato nella pratica veterinaria come insetticida di seconda generazione contro pulci, pidocchi, acari e zecche e parassiti in genere, ma ne è vietato l'uso negli animali destinati alla catena alimentare.
L'Organizzazione mondiale della Sanità (Oms), nelle Linee guida 2000-2002 ai pesticidi, considera il fipronil, allo stato solido, "moderatamente tossico per l'uomo". L'esposizione all'insetticida può causare nausea, vomito, dolore addominale e crisi epilettiche. Se consumato in grandi quantità può causare danni ai reni, al fegato e alla tiroide. Gli esperti sono però concordi che i rischi per la salute sono molto bassi perché gli effetti da intossicazione si verificano solo nel caso di esposizioni ad alte dosi. E nel consumo quindi di un numero di uova di fatto inverosimile in un regime alimentare standard. Al momento non sono stati segnalati casi da intossicazione da fipronil.
Già nel 2013 la Commissione europea aveva imposto restrizioni, in un bando parziale della durata di due anni sull'uso del fipronil, per contrastare la moria di insetti impollinatori e delle api. In particolare, a seguito di una valutazione condotta dell'Efsa (Autorità Ue per la sicurezza alimentare) sul rischio per le api da fipronil, è stato proibito il suo impiego per la concia delle sementi, tranne che su semi piantati in serre e su semi di porro, cipolla, scalogno e verdure della famiglia delle crocifere seminate nei campi e raccolte prima della fioritura.
