Graduado en la Famu, la escuela de cine de Praga, realizó decenas de filmes y documentales de fama internacional, entre ellas, La abeja del milenio (1983), la historia de tres generaciones de agricultores en el período de 1887 a 1917, Perinbaba (La señora de la nieve, 1985), una fábula inspirada en los hermanos Grimm con Giulietta Massina en el rol protagonista, "Sedim na konari a je mi dobre" (1989), o Bathory (2008), una producción internacional considerada el filme más costoso jamás realizado en Europa central y oriental.
Tras la invasión de Checoslovaquia por parte de las tropas del Pacto de Varsovia en 1968, Jakubisko realizó, en coproducción con Francia, Los pájaros, los huérfanos y los necios (1969), una parábola cruel de aquel período. La película fue sucesivamente prohibida por la censura comunista.
En 1997 grabó El informe no claro sobre el fin del mundo, una saga alegórica sobre una comunidad de montaña que vive olvidada, fuera de cada progreso. (ANSA).
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