La Commissione Europea ha il potere di iniziativa legislativa e quello di vigilare sull'applicazione della normativa comunitaria da parte degli Stati Membri tramite lo strumento della procedura di infrazione. Per questo e per il suo ruolo di responsabile dell'attuazione della normativa comunitaria, la Commissione europea ama auto-definirsi la "guardiana dei Trattati", un'espressione usata a turno da tutti i suoi presidenti.
La Commissione Ue deriva dall'Alta autorità della Comunità europea del carbone e dell'acciaio (Ceca), creata nel 1951 e insediatasi il 10 agosto 1952 a Lussemburgo. I Trattati di Roma del 1957 affiancarono alla Ceca la Comunità economica europea (Cee) e la Comunità europea dell'energia atomica (Euratom), entrambe dotate di una propria Commissione. Questo sistema durò fino al primo luglio 1967, quando le tre Commissioni vennero fuse in una sola, con sede a Bruxelles, in cui tutti i paesi trovavano rappresentanza, per quanto asimmetrica: i paesi grandi con due membri e quelli piccoli con uno. Ogni membro dev'essere completamente indipendente dal suo Stato di origine.
Dal 2004, con la prima Commissione Barroso, ogni paese è rappresentato da un commissario. Il Trattato di Lisbona prevedeva una riduzione del numero dei commissari, ma la norma, dopo la bocciatura del referendum in Irlanda, è stata abrogata. Al di là dell'attività di iniziativa legislativa, che viene poi portata a termine dal Consiglio dei ministri e dal Parlamento europeo, e di vigilanza, la Commissione Ue ha gestito tutti gli allargamenti dell’Unione, l'introduzione della moneta comune e l'armonizzazione del mercato interno.
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