Interi genomi assemblati in pochi minuti su comuni pc

(ANSA) - MILANO, 15 SET - Basta un comune pc per assemblare in pochi minuti interi genomi, che siano di virus, moscerini o esseri umani: a rendere possibile questo 'sprint' nella ricerca è una nuova tecnica che risulta essere cento volte più veloce delle attuali nonostante sfrutti solo un quinto delle risorse informatiche. Lo dimostra uno studio pubblicato sulla rivista Cell Systems dai ricercatori del Massachusetts Institute of Technology (Mit) in collaborazione con l'Istituto Pasteaur di Parigi.
    La nuova tecnica deve la sua efficienza alla capacità di dare una rappresentazione più compatta del genoma, non per singole 'lettere' (nucleotidi) ma per brevi 'parole' (sequenze di nucleotidi). Oltre ad accelerare la ricerca, potrà migliorare la diagnostica contribuendo a salvare vite umane. La capacità di ricostruire rapidamente interi genomi può rivelarsi cruciale ad esempio "per verificare cambiamenti del microbioma intestinale legati a malattie e infezioni batteriche come la sepsi, cosa che permette di trattare tempestivamente i pazienti", spiega Bonnie Berger, matematica del Mit.
    Il metodo è stato messo alla prova per assemblare dati relativi al moscerino della frutta e al genoma umano: il software ha impiegato un trentatreesimo del tempo e un ottavo della Ram rispetto alle altre tecniche attualmente disponibili. Il metodo è stato poi usato per creare l'indice di una raccolta di oltre 600.000 genomi batterici, la più grande del suo genere: il software ha permesso di passare in rassegna tutta la collezione per individuare i geni di resistenza agli antibiotici in appena 13 minuti invece che sette ore. (ANSA).