Basta un comune pc per assemblare
in pochi minuti interi genomi, che siano di virus, moscerini o
esseri umani: a rendere possibile questo 'sprint' nella ricerca
è una nuova tecnica che risulta essere cento volte più veloce
delle attuali nonostante sfrutti solo un quinto delle risorse
informatiche. Lo dimostra uno studio pubblicato sulla rivista
Cell Systems dai ricercatori del Massachusetts Institute of
Technology (Mit) in collaborazione con l'Istituto Pasteaur di
Parigi.
La nuova tecnica deve la sua efficienza alla capacità di dare
una rappresentazione più compatta del genoma, non per singole
'lettere' (nucleotidi) ma per brevi 'parole' (sequenze di
nucleotidi). Oltre ad accelerare la ricerca, potrà migliorare la
diagnostica contribuendo a salvare vite umane. La capacità di
ricostruire rapidamente interi genomi può rivelarsi cruciale ad
esempio "per verificare cambiamenti del microbioma intestinale
legati a malattie e infezioni batteriche come la sepsi, cosa che
permette di trattare tempestivamente i pazienti", spiega Bonnie
Berger, matematica del Mit.
Il metodo è stato messo alla prova per assemblare dati relativi
al moscerino della frutta e al genoma umano: il software ha
impiegato un trentatreesimo del tempo e un ottavo della Ram
rispetto alle altre tecniche attualmente disponibili. Il metodo
è stato poi usato per creare l'indice di una raccolta di oltre
600.000 genomi batterici, la più grande del suo genere: il
software ha permesso di passare in rassegna tutta la collezione
per individuare i geni di resistenza agli antibiotici in appena
13 minuti invece che sette ore.
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