L'incognita più grande oggi sono le varianti del Covid: monitorarle nel tempo è essenziale per valutare la diffusione di ceppi più aggressivi e consentire, dunque, lo sviluppo di vaccini sempre più efficaci. Proprio per assicurare un'elevata efficienza del sistema di monitoraggio delle varianti, e avvalendosi di apparecchiature altamente sofisticate, nei laboratori di Mercogliano (Avellino) dell'Istituto Pascale per la cura dei tumori, diretti da Nicola Normanno, è stato messo a punto un protocollo di sequenziamento rapido del virus, che consente di avere la completa successione virale entro 24 ore dal tampone molecolare. Lo studio, che porta la firma di una giovane farmacologa, Anna Maria Rachiglio, è stato pubblicato sulla rivista scientifica Journal of Translation Medicine.
"Lo studio - dice la trentanovenne ricercatrice - ha per la prima volta descritto la tipologia di varianti di SARS-CoV-2 nella Regione Campania rivelando la presenza di una notevole eterogeneità di ceppi virali fin dalla prima fase della pandemia. I dati sono relativi al sequenziamento del genoma del virus ottenuto da tamponi molecolari, raccolti nel periodo compreso tra marzo ed aprile 2020, di individui residenti principalmente tra le provincie di Napoli e Caserta".
La nuova tecnologia è stata possibile grazie all'utilizzazione di un sequenziatore di ultima generazione ad elevata automazione, il Genexus, di cui il Pascale è stato uno dei primi centri in Europa a dotarsi. Il Genexus è un un sistema di Next Generation Sequencing completamente automatizzato e ad elevata processività in grado di sequenziare fino a 32 campioni in 24 ore. "L'utilizzazione di un sistema high-throughput - continua la Rachiglio - ha, infatti, consentito di poter velocizzare notevolmente il sequenziamento rispetto alle procedure standard e di ottenere il genoma virale completo anche di campioni che presentavano un bassissimo numero di copie del virus".
Dal confronto tra le sequenze ottenute ed il genoma di riferimento Wuhan-Hu-1 è stata rilevata la presenza di 48 varianti nucleotidiche, per la maggior parte osservate nelle regioni ORF1ab e Spike, di cui 12 mai rilevate prima. In particolare, la maggior parte dei campioni provenienti dall'area di Napoli appartengono a 7 differenti cluster, un dato coerente con quanto ci si aspetta possa accadere in zone ad elevata densità abitativa.
I risultati ottenuti sono il frutto della collaborazione tra Pascale, Università Federico II e l'Istituto Superiore di Sanità, grazie ad un finanziamento della Regione Campania. Al progetto fortemente voluto dal direttore scientifico dell'Istituto dei tumori di Napoli, Gerardo Botti, hanno partecipato, a vario titolo, Ernesta Cavalcanti, Luca De Sabato, Cristin Roma, Michele Cennamo, Mariano Fiorenza, Daniela Terracciano, Raffaella Pasquale, Francesca Bergantino, Gabriele Vaccari, Giuseppe Portella, Nicola Normanno.
Intanto l'attività di monitoraggio delle varianti continua presso il Pascale che sta coordinando uno studio per la caratterizzazione dei ceppi virali causa di infezione in pazienti oncologici ed operatori sanitari. "La ricerca - dice il direttore generale del polo oncologico partenopeo, Attilio Bianchi - ha oramai superato approcci divisivi, per assumere sempre più un preciso significato sistemico. Il Covid ha funzionato da catalizzatore, enfatizzando in maniera decisiva e definitiva l'osmosi tra le conoscenze. Complimenti al gruppo di lavoro che ha prodotto questa ricerca e a tutti quelli che ogni giorno ci aiutano a cercare nuove strade".
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